B: The Beginning

殺人鬼"キラーB"による凄惨な殺人事件が発生し、キースは捜査の最前線に復帰。時を同じくして、謎の一団が軍の戦闘車両を強奪し、大暴れを始める。

新たな事件はキラーBの犯行と思われたが、キースはこれを否定。犯人がチャリティパーティーを狙っている可能性が浮上し、RISは会場を警護することに。

毒ガス放出の時が刻一刻と近づく中、カエラは激しいハッキング戦を展開。キースはボリスを引き連れ、謎の一団のメンバーと戦う黒羽を追いかける。

王立図書館を訪れたキース。偶然にも、黒羽もまた図書館にやって来ていた。リリイはキースのアパートに押し掛け、キラーBの事件への考えをぶつける。

仲間が襲撃を受け、大きなショックを受ける一同。内通者の存在が浮かび上がり、事態は予断を許さない。黒羽は、カノープスとは誰のことなのかを知る。

黒羽は病院の屋上でキースを問い詰めるが、2人は次の日に改めて寺院で会うことに。その一方で、キースは殺人の容疑者として警察に手配されてしまう。

皆月は仲間に指示を出し、黒羽を一斉に攻撃。手負いの黒羽を守ろうと、キースは皆月達の前に立つ。そんな中、RISは上層部に最後通告を言い渡される。

RISへ戻るようキースを説得するエリック。さらに、エリックはリリイを停職処分にし、キースを追わせようとする。皆月は、黒羽のもとへ刺客を送る。

キースはRISに投降し、真実を告白。限られた残り時間でマーケットメイカーの管理者を突き止めるため、チームはリリイをおとりにしてワナを仕掛ける。

マーケットメイカーとユナを乗せた飛行船へ向かおうとする黒羽。同じ頃、キース達は、ギルバートとリリイの居場所を必死に特定しようとしていた。

キースは、単独でギルバートを追跡。黒羽は飛行船を見つけ、皆月に立ち向かう。戦いの最中、碑文の内容を信じるライカは、飛行船からユナを連れ出す。

キースが最終決着に臨むファウラ・ブランカの研究施設へ急行する、RISのメンバー達。黒羽は、運命に抗ってユナと生き延びるべく最後の力を振り絞る。